1949年1月，蒋介石颁布发表下野，为便于遥控百姓党部队，再度任命顾祝同为百姓党陆军总司令。12月7日，蒋介石指派顾祝同与胡宗南两个心腹干将别离出任西南军政主座和副主座，预备在西南负隅顽抗。顾、胡上任后，计划在成都地域与入川解放军举行一场决斗，但解放军第一野战军贺龙部进兵神速，其筹划将来得及实行便被冲破。顾祝同又委曲指挥“西南军事”，毕竟无法为百姓党挽回败局。 但顾祝同并未甘愿宁可。1950年1月，他又以顾问总长兼代“国防部长”身份，奉蒋介石之命赴云南方境蒙自安插残部举行滇西游击战，同时将那边残存的百姓党队伍抢运到台湾。处置惩罚完公事后，顾祝同忽然心血来潮，以为应该到西昌去看看老战友胡宗南，为他打打气。于是，于15日清早由蒙自乘飞机飞往西昌。 就在此前，解放军已得到了“驻蒙自的百姓党队伍预备逃往台湾，顾祝同大概已到蒙自”的谍报，于是敏捷向蒙自推进。顾祝同前脚刚走，解放军三个军的队伍就打到了蒙自城下。驻蒙自的百姓党军一局部被歼，一局部经滇南逃往越南、缅甸。顾祝同因一时心血来潮去了西昌，使他死里逃生。厥后，他在回想录中谈起此事时，还在光荣本身“福大命大”。