由于近代对疾病的熟悉不时深入，新的履历不时富厚，治疗要领渐趋多样化，作为辨证论治的重要东西的方剂学也随之而得到了进一步的生长。重要表示在对方剂学理论研究的不时深化，大型方书的继承整理和编纂单方、验方、秘方的汇编整理事情更为突出。不少医家在积极探索中医学生长的同时，吸取了一些近代西医药学的知识，编写出一些搜集中西医的验方著作，从方剂学方面为中西医的汇通做了开端实验。这一时期方剂学研究的特点是由博返约，向理论研究深化。较有代表性的著作如下：1、费伯雄《医方论》费伯雄著于1865年，费氏针对《医方集解》所载方药详加批评，从中反应出费氏在方剂学理论研究方面的看法和成绩。作者夸大辨证论治，阻挡滥用方药。他的批评对后代深入学习方剂理论，精确把握制方之法及临床用途，具有较高代价。2、蒋方芳《时方论》该方不但是一部简明实用的教本，也是其时较好的方论著作《时方论》以论述主理的重要内容，所列87方(例案)，方论精密联合，叙述简明透彻。近百年来，不少医家恒久致力于整理编纂古今方书，取得较突出的成绩，较早的有文晟辑《医方十种汇编》。在此之后，出现了多种大部头的总结性方书，如曹绳彦《古今名医万方类编》、吴克潜《古今医方集成》、察随仙《中国医药汇海・方剂部》等等，并有一些相同中西医的著作。这一时期，单方、秘方、验方的网络取得较突出的成绩，据不完全统计，先后编纂刊印的种种方书约达300种，此中有一些传播较广和有特色的著作。1、鲍相《验方新编》于1846年仲春汇编成。全书约92门(部)，各病症下附有单方、验方，共收3240余万。以价廉，易得，有用为原则，力图方药稳妥。2、王士雄《四科简效方》王士雄一直器重网络单方、验方，18454年辑《四科简效方》便于穷山垩水，无医少药之地查用；别的尚有龚自家等《医方易简新编》；黄伯垂《履历良方大全》；杨馥焦、潘之伟《履历秘方》李克蕙《验方辑要》等。此期另有不少汇通方书，如丁福保《中西医方会通》，陈继武《中西验方新编》以及唐川《六经方证中西通解》等。